"Pokémon: Der Film" ist die Romanadaption des ersten Pokémon-Kinofilms, der auch als "Pokémon: Der Film – Mewtu gegen Mew" bekannt ist. Die Geschichte beginnt mit der Erschaffung von Mewtu, einem genetisch modifizierten Klon des mysteriösen und mächtigen Pokémon Mew. Mewtu wird von Wissenschaftlern erschaffen, um das stärkste Pokémon zu sein, doch es entwickelt ein eigenes Bewusstsein und hinterfragt den Sinn seiner Existenz. Nachdem es seine Schöpfer besiegt hat, plant Mewtu, sich an der Menschheit und den Pokémon zu rächen. Es lädt eine Gruppe von Trainern, darunter der Protagonist Ash Ketchum und seine Freunde Misty und Rocko, auf eine abgelegene Insel ein. Dort enthüllt Mewtu seinen Plan, die Welt zu beherrschen und alle bestehenden Pokémon durch genetisch verbesserte Klone zu ersetzen. Ein epischer Kampf zwischen den originalen Pokémon und ihren Klonen entbrennt. Ash versucht verzweifelt, Frieden zwischen beiden Seiten herzustellen. In einem dramatischen Moment opfert er sich selbst im Kampfesgetümmel, was sowohl die echten als auch die geklonten Pokémon dazu bringt innezuhalten. Durch Ashs Opferbereitschaft erkennen alle Beteiligten den Wert von Freundschaft und Mitgefühl. Schließlich wird Ash durch die Tränen der Pokémon wiederbelebt. Beeindruckt von diesen Ereignissen erkennt Mewtu den Fehler in seinem Denken und beschließt, einen neuen Weg einzuschlagen. Es löscht die Erinnerungen aller Anwesenden an diese Ereignisse und verlässt die Insel zusammen mit seinen Klonen auf der Suche nach einem eigenen Platz in der Welt.